หลังสิ้นสุดการแข่งขันฤดูกาล 2562 มีสโมสรฟุตบอลที่ประกาศถอนตัวไม่ส่งทีมเข้าแข่งขันในฤดูกาล 2563 จำนวน 3 สโมสร ได้แก่ พีทีที ระยองในไทยลีก ไทยฮอนด้า[1]และอาร์มี่ ยูไนเต็ด[2]ในไทยลีก 2 เนื่องจากสมาคมฟุตบอลฯ ต้องการคงจำนวนทีมที่เข้าแข่งขันในไทยลีก (16) และไทยลีก 2 (18) ในฤดูกาล 2563 ด้วยเหตุผลด้านการถ่ายทอดสดทางโทรทัศน์ ทำให้สุพรรณบุรีซึ่งจบฤดูกาลได้อันดับที่ 14 ในไทยลีกยังคงได้สิทธิแข่งขันในไทยลีกต่อไปร่วมกับบีจี ปทุม ยูไนเต็ด, โปลิศ เทโร และระยองซึ่งเลื่อนชั้นขึ้นไป ในขณะที่ชัยนาท ฮอร์นบิลและเชียงใหม่ตกชั้นลงมาแข่งขันในไทยลีก 2 ส่วนสโมสรที่ตกชั้นจากไทยลีก 2 เดิมมีจำนวน 3 สโมสรได้แก่ ราชนาวี, อุบล ยูไนเต็ด และอยุธยา ยูไนเต็ด แต่เนื่องจากจำนวนทีมในไทยลีก 2 ขาดไป 2 ทีม ทำให้ราชนาวีได้สิทธิแข่งขันต่อไปเป็นทีมแรก ส่วนทีมที่สองได้แก่อยุธยา ยูไนเต็ดเนื่องจากอุบล ยูไนเต็ดที่จบฤดูกาลได้อันดับดีกว่าไม่ผ่านเกณฑ์คลับไลเซนซิง และถูกปรับตกชั้นลงไปแข่งขันไทยลีก 4[1]

ต่อมาในวันที่ 28 พฤศจิกายน 2562 พลเอกอภิรัชต์ คงสมพงษ์ ผู้บัญชาการทหารบก และประธานสโมสรฟุตบอลอาร์มี่ ยูไนเต็ด ได้ประกาศยุบสโมสรเนื่องจากไม่ประสบความสำเร็จ สมาคมฟุตบอลฯ จึงตัดสินให้แกรนด์ อันดามัน ระนอง ยูไนเต็ด ได้เลื่อนชั้นขึ้นมาแข่งขันเป็นทีมที่ 4 ต่อจาก ขอนแก่น ยูไนเต็ด และ นครปฐม ยูไนเต็ด ซึ่งชนะเลิศจากแต่ละโซน และ แพร่ ยูไนเต็ด ซึ่งเพลย์ออฟชนะระนอง ยูไนเต็ด[2] และเมื่อวันที่ 25 ธันวาคม 2562 ทางสโมสรฟุตบอลแอร์ฟอร์ซ ยูไนเต็ด ได้แจ้งว่ามีการขายสิทธิ์การทำทีมให้กับ นายชาดา ไทยเศรษฐ์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จ.อุทัยธานี สังกัดพรรคภูมิใจไทย และเปลี่ยนชื่อสโมสรเป็น สโมสรฟุตบอลอุทัยธานี[3]

เข้าสู่ไทยลีก 2

• ชัยนาท ฮอร์นบิล
• เชียงใหม่

• ขอนแก่น ยูไนเต็ด
• นครปฐม ยูไนเต็ด
• แพร่ ยูไนเต็ด
• แกรนด์ อันดามัน ระนอง ยูไนเต็ด ได้เลื่อนชั้นขึ้นมาแข่งขันในไทยลีก 2 หลังจากอาร์มี่ ยูไนเต็ดถอนตัว[2]

ออกจากไทยลีก 2

• บีจี ปทุม ยูไนเต็ด
• โปลิศ เทโร
• ระยอง

• อุบล ยูไนเต็ด ถูกปรับตกชั้นเนื่องจากไม่ผ่านคลับไลเซนซิง[1]

• ไทยฮอนด้า[1]
• อาร์มี่ ยูไนเต็ด[2]